Viele bunte und niedliche Vögel sitzen in Fluffy auf Wäscheleinen untereinander und nebeneinander. Anstatt sie zu verscheuchen, setzt du jeweils drei von ihnen zu einer Gruppe zusammen, damit sie verschwinden und Platz machen für neue Artgenossen. Das Puzzlespiel funktioniert nach dem 3-Gewinnt-Prinzip, ähnlich wie beispielsweise Candy Crush Saga, allerdings mit dem Unterschied, dass du die Vögel in Fluffy beliebig miteinander tauschen kannst, solange sie sich in einer Reihe befinden.
Oben links siehst du ein kleines braunes Kästchen, das dir anzeigt, welche Aufgabe du in einer Runde bewältigen musst. Je nachdem, in welchem Level du dich gerade befindest, kombinierst du in Fluffy Vögel einer Farbe oder versuchst das Bild nachzustellen, das du in dem braunen Kasten siehst. Wenn du einen der Flattermänner antippst, erscheint ein Pfeil, den du nach links, rechts oben oder unten bewegst. Sobald du einen anderen Vogel anklickst, der sich zusammen mit dem ersten Exemplar in einer senkrechten oder waagerechten Reihe befindet, vertauschst du die beiden Tiere miteinander.
Immer, wenn in Fluffy drei Vögel der gleichen Farbe in einer Gruppe zusammen sitzen, verschwinden sie. Dabei müssen sie nicht zwingend in einer Reihe nebeneinander sitzen, auch wenn sie sich über Eck berühren, bilden sie eine Gruppe. In Fluffy gibt es vier Level mit jeweils einer Aufgabe. Immer, wenn du einen Auftrag erfüllt hast, erscheint ein Ei auf einer beliebigen Position des Spielfeldes. Demnach sammelst du im Laufe des Spiels insgesamt vier goldene Eier.
Du schließt das Spiel ab, indem du alle vier Vogel-Eier, wie bisher deine gefiederten Freunde, in einer Gruppe zusammenbringst. Sobald das geschafft ist, endet Fluffy. Du hast die Möglichkeit, optional echtes Geld zu setzen, bevor du mit einer Runde beginnst. Der Gewinn richtet sich nach den erspielten Punkten.
